Research / Equipment
研究と設備
研究者紹介
定量生命物理化学分野（化学薬学領域）
大久保 忠恭教授
高分子化学分野では、タンパク質の立体構造解析およびそれを応用した医薬品の開発を行っている。生体高分子の立体構造を解析する手段としてNMR 法、X 線結晶解析法の最新の技術を応用している。分子間相互作用や安定性を研究する手段として超遠心法、表面プラズモンセンサー法、示差熱測定法などの物理化学的手法を用いている。また生体内で微量にしか存在しないタンパク質の大量生産法の開発を行っている。
研究テーマ
NMR、X 線回析、分子動力学計算による生体高分子の静的及び動的構造解析
分光学、熱力学、流体力学等による生体高分子の溶液物性の解析
複合体の構造及び相互作用の解析による活性発現機構の研究
遺伝子操作や化学合成による構造活性相関研究
代表的な業績
"N-terminal HCV core protein fragment decreases 20S proteasome activity in the presence of PA28γ." Zheng Y, Shimamoto S, Maruno T, Kobayashi Y, Matsuura Y, Kawahara K, Yoshida T, Ohkubo T., Biochem Biophys Res Commun. (2019) 509, 590-595
"Ordered self-assembly of the collagenous domain of adiponectin with noncovalent interactions via glycosylated lysine residues." Takuwa A, Yoshida T, Maruno T, Kawahara K, Mochizuki M, Nishiuchi Y, Kobayashi Y, Ohkubo T., FEBS Lett. (2016) 590, 195-201
" Thermodynamic and NMR analyses of NADPH binding to lipocalin-type prostaglandin D synthase." Qin S, Shimamoto S, Maruno T, Kobayashi Y, Kawahara K, Yoshida Y, Ohkubo T., Biochem Biophys Res Commun. (2015) 468, 234-239
"Structure of the CFA/III major pilin subunit CofA from human enterotoxigenic Escherichia coli determined at 0.90 Å resolution by sulfur-SAD phasing.", Fukakusa S, Kawahara K, Nakamura S, Iwashita T, Baba S, Nishimura M, Kobayashi Y, Honda T, Iida T, Taniguchi T, Ohkubo T., Acta Crystallogr D Biol Crystallogr. 68, 1418-1429, (2012)
“Structure and Reaction Mechanism of Human Nicotinamide Phosphoribosyltransferase.” Takahashi R, Nakamura S, Nakazawa T, Minoura K, Yoshida T, Nishi Y, Kobayashi Y, Ohkubo, T., J. Biochem., 147, 95-107, (2010)
“NMR solution structure of lipocalin-type prostaglandin D synthase: Evidence for partial overlapping of catalytic pocket and retinoic acid-binding pocket within the central cavity”, Shimamoto S, Yoshida T, Inui T, Gohda K, Kobayashi Y, Fujimori K, Tsurumura T, Aritake K, Urade Y, Ohkubo, T., J. Biol. Chem., 282, 31373-31379, (2007)
“Apo- and holo-structures of 3alpha-hydroxysteroid dehydrogenase from Pseudomonas sp. B-0831. Loop-helix transition induced by coenzyme binding.”, Nakamura S, Oda M, Kataoka S, Ueda S, Uchiyama S, Yoshida T, Kobayashi Y, Ohkubo, T., J Biol Chem., 281, 31876-31884, (2006)
“Structure of cytochrome c552 from a moderate thermophilic bacterium, Hydrogenophilus thermoluteolus: comparative study on the thermostability of cytochrome c.”, Nakamura S, Ichiki S, Takashima H, Uchiyama S, Hasegawa J, Kobayashi Y, Sambongi Y, Ohkubo, T., Biochemistry, 45, 6115-6123, (2006)
"Solution structure of an extracelluar domain containing the WSxWS motif of the granulocyte colony-stimulating factor receptor and its interaction with ligand ", Yamasaki, K., Naito, S., Anaguchi, H., Ohkubo, T., and Ota, Y., Nat. Struct. Biol., 4, 498-504 (1997)
"Methylation dependent functional switch mechanism newly found in the Escherichia coli Ada protein", Ohkubo, T., Sakashita, H., Sakuma, T., Kainosho, M., Sekiguchi, M., and Morikawa, K., J. Am. Chem. Soc., 116, 6035-6036, (1994)
